A Maratona de Skagen ocorre no extremo norte da Dinamarca, onde o Mar do Norte e o Mar Báltico se encontram. O percurso passa pelas casas amarelas com telhados vermelhos características de Skagen, ruas tranquilas e trilhas costeiras, e apresenta pontos de referência como a igreja Den Tilsandede Kirke, enterrada na areia, e o farol Vippefyret. Os corredores experimentam superfícies variadas e terreno plano, passando por plantações de dunas, praias, Gl. Skagen, o ponto mais setentrional da Dinamarca, e a cidade de Skagen. O tráfego é parcialmente restrito para a segurança dos participantes, com a largada e a chegada localizadas em Fiskerhuskajen.