Der Skagen Marathon findet an der Nordspitze Dänemarks statt, wo die Nordsee und die Ostsee aufeinandertreffen. Die Strecke führt vorbei an den charakteristischen gelben Häusern mit roten Dächern, ruhigen Straßen und Küstenwegen von Skagen und umfasst Sehenswürdigkeiten wie die sandbedeckte Kirche Den Tilsandede Kirke und den Leuchtturm Vippefyret. Die Läufer erleben abwechslungsreiche Oberflächen und flaches Gelände und bewegen sich durch Dünenplantagen, Strände, Gl. Skagen, den nördlichsten Punkt Dänemarks, und die Stadt Skagen. Der Verkehr wird zur Sicherheit der Teilnehmer teilweise eingeschränkt, Start und Ziel befinden sich am Fiskerhuskajen.