Skagen Maratonu, Danimarka'nın kuzey ucunda, Kuzey Denizi ile Baltık Denizi'nin birleştiği noktada düzenlenir. Güzergâh, Skagen'in kırmızı çatılı sarı evleri, sakin sokakları ve sahil yollarından geçer ve kumla kaplı kilise Den Tilsandede Kirke ve Vippefyret deniz feneri gibi simgesel yapılar yer alır. Koşucular, kumul plantasyonları, plajlar, Danimarka'nın en kuzey noktası olan Gl. Skagen ve Skagen şehri boyunca çeşitli yüzeyler ve düz arazilerde koşarlar. Katılımcıların güvenliği için trafik kısmen kısıtlanır ve start ve finiş Fiskerhuskajen'de yapılır.